任何一台航拍機都會有一個飛行控制系統（Flight Controller，簡稱「飛控」）。飛控有如一台小型電腦，主要用於處理航拍玩家的操控指示，然後平穩地作出相對的反應。當然，現時的飛控已包含 GPS 模組、陀螺儀、加速度計和氣壓計等感應器，讓系統可綜合各方面的數據而作出反應。
飛控設計愈趨易用
一部航拍機孰優孰劣，便要看飛控的反應及穩定性。不過，現時的飛控已設計得愈來愈 user-friendly，相對設定也變得簡單，操作門檻比以前低得多了。DJI NAZA 飛控是近年來 DIY 無人機最常用的飛控之一。主要原因是：一來價錢吸引；二來功能亦十分齊全，例如擁有姿態穩定功能及氣壓定高功能，任何情況下保持航拍機自動回歸水平姿態及高度。以下例子使用DJI NAZA-M v2 作示範。
DJI NAZA-M v2 飛控套裝內除飛控外，還包含 GPS 模組。
飛控設定連環 9 步
1. 航拍玩家首先要決定飛行器的類型，NAZA-M V2 可支援 4 至 8 軸的飛行平台。
2. 一般情況下，因為飛控內含有陀螺儀、加速度計和氣壓計等感應器，所以必需要替機架裝上電調、電機、電池、雲台、航拍攝影機後，始可找出重心中間點來安裝飛控，而位置一定必需要對準前方。當然有一些品牌及型號是容許輸入偏離重心多少距離。至於 GPS 模組，航拍玩家可按機型而決定安裝在那個位置，只需要在軟件的 GPS 安裝位置設定欄中，輸入偏離重心中間點的距離數值便可。
3. 遙控器則按接收機類型去設定，大部分都會使用 D-Bus 比較方便插線。控制校式切換方面，需要小心設定：i) GPS：依賴衛星定位來鎖定飛行器的位置；ii) 姿勢：放棄 GPS 而單使用陀螺儀、加速度計和氣壓計等感應器來鎖定飛行器的位置；iii) 手動：全手動去控制飛行器的高低及位置。
4. 馬達設定方面，馬達怠速速度可按機身重量去調整；如果需要極快反應及機身比較輕便，可把馬達怠速速度調至較高。
5. 「失控保護」模式是指當航拍機跟遙控器失去聯系時的處理手法。大多會選擇「自動返航降落」，即是失聯時，飛行器會自動飛返起飛點。
6. 「智能 IOC」，即智能方向鎖定功能，這是需要配合 GPS 功能一齊使用。當航拍機接收到 GPS 超過 6 個衛星的訊號時，便會產生 HOME Point。IOC 則是配合 HOME 使用，當中「返航點鎖定」 意思是 HOME LOCK，把機尾改為指向 HOME 方向，只需要把方向拉向後，就會往 HOME 方向後退。「航向鎖定」意指 COURSE LOCK，無論機頭指向住何方向，前後左右都是跟起跳時的方向決定。
7. 「電壓保護設置」用於當電壓低時如何保護電池。一般來說，第一級保護會設定為大約 30% 電壓，第二級為 20%。保護方法可選擇下降或回航。
8. 「飛行限制」的最大高度及半徑數值，是會以當時無人機的 GPS 位置來計算的。一般設定需配合當時的現場環境。
9. 最後，可測試一下航拍機的穩定性及移動反應，再按個人喜好去設定「基礎」 及「姿態」 數值，數值愈大愈進取，但亦可能會令飛行器不斷自轉或只以單方向前進，這時候便需要把數值調低，再入嘗試了。
